Ci troviamo nel mondo di Ivalice (conosciuto già da molti di voi in Final Fantasy Tactics Advance) durante una guerra fra due regni: Dalmasca e Arcadia. La principessa Ashe, una dei protagonisti di questa storia, vedendo la situazione di crisi del suo regno, decide di affidarsi ad una banda di mercenari tra i quali emergono gli altri protagonisti della storia: Vaan e la sua ragazza Penelo. Il gruppo dovrà cercare di fermare l'avanzata del temibile impero di Arcadia e dei suoi giudici (anch'essi presenti in FFTA, ma come personaggi passivi mentre qui sono veri e propri nemici). Al gruppo si uniranno presto Balthier, la sua compagna Viera Fran e Basche, ex-generale Dalmaschiano accusato dell'assassinio del re.