Yuna ormai non ha più bisogno di essere una invocatrice, ma per lei le avventure non sono terminate.

Un giorno scopre una sfera contenente un filmato... c'è una persona e assomiglia davvero tanto a "lui"!

E' così che, insieme a Rikku e la nuova amica Paine e con l'immancabile aiuto degli Albhed che Yuna parte per Spira alla ricerca delle sfere contenenti indizi per trovare "lui".

Ma non mancheranno i soliti guastafeste, la "terribile" banda Leblanc, cacciatori di sfere, che tenterà in ogni modo di sabotare i piani di Yuna.