Parte Prima
Il gioco comincia in infermeria. Il Dr. Kadowaki è il dottore in carica. Uno strano riflesso di ragazza si può intravedere attraverso lo specchio del letto di Squall. Lei dirà "Well met again, Squall." Poi Quistis entrerà. Quistis porterà Squall nella sua classe. Gli verrà detto di sedersi alla sua sedia. Ella rimprovererà Seifer per aver duellato contro Squall. Quando Squall si siederà, potrai controllare un pannello sul suo banco. Conterrà le istruzioni, le notizie ecc. Puoi anche svolgere un test per avere un livello maggiore per SeeD. Dopo che Quistis ha parlato per un po', lei dirà a Squall che deve affrontare una prova nella Caverna di Fuoco. Dirà inoltre che ella l'aspetterà all'entrata principale del Giardino. Poi, puoi dirigerti dove vuoi nel Giardino. Quando Squall entrerà nell'ascensore, Selphie gli parlerà. Ella dirà che è una nuova studentessa, venuta da Trabia Garden e chiederà a Squall di farle vedere tutto il Giardino. All'entrata principale della caverna, Squall incontrerà Quistis ed insieme entreranno nella caverna di fuoco. La caverna non è complicata e potrai facilmente terminarla. Qui potrai incontrare Ifrit e combattere contro di lui. Quando vincerai, otterrai GF Ifrit.
Quando Squall tornerà a Balamb Garden, gli verrà ordinato di andare nella repubblica di Dollet, dove c'è una prova da compiere in SeeD. Squall, Zell, e Seifer andranno nella città di Balamb e poi comincerà per Dollet una fregata. Puoi andare dove vuoi per la città, ad esempio la casa di Zell, l'hotel, un negozio. Qui potrai vedere un bellissimo filmato. I tre sono nella squadra B e hanno l'ordine di uccidere i nemici nella città di Dollet, ma qui troveranno pochissimi nemici. Seifer si domanda cosa sia la torre EM, se ne interesserà e ordinerà a Squall e Zell di entrare nella torre EM con lui. Quando raggiungeranno il fondo della torre, Selphie, che si trova nella squadra A, arriverà come una motociclista. Squall e Zell saliranno sulla torre con Selphie, seguendo Seifer. In cima, Biggs stava riparando alcuni macchinari e la torre EM incomincerà a caricarsi di potenza. Selphie dirà di tornare in spiaggia. Incomincerà una battaglia contro Biggs e Wedge, poi contro il boss Elviole. Non dimenticare di tirar fuori Siren da questo boss!!! Dopo questa battaglia, avrai 30 minuti per raggiungere la spiaggia. Un granchio simile al mostro X-ATM092 vi inseguirà. Se sarete molto potenti potrete batterlo. Non conviene faticare così tanto, meglio scappare verso la spiaggia. Quando raggiungerete la spiaggia, Quistis distruggerà il mostro usando una grande pistola
La fregata tornerà alla città di Balamb. Al Giardino, alcuni studenti stanno aspettando coloro che hanno passato il test. Zell e Squall saranno chiamati e gli verrà comunicato che hanno passato il test. Poi ci sarà un party nella stanza di Cid. Dopo la piccola cerimonia, non dimenticate di parlare con Cid. Vi darà un "battle kei", un oggetto che ti mostrerà i dati delle tue battaglie.
Durante la notte, il party di è fermato. Quando Squall si troverà da solo, Rinoa, una ragazza misteriosa, gli parlerà. Lei lo inviterà a ballare. All'inizio lui rifiuterà perchè non sa come si balla, ma Rinoa glielo insegnerà. Ora godetevi il divertentissimo filmato. Rinoa qui è davvero incantevole. Dopo il ballo, quando Squall si tranquillizzerà davanti al balcone, arriverà Quistis e gli dirà di andare al posto segreto nella stanza della pratica.
Entra nella stanza della pratica. Quistis aspetterà all'entrata. Non dimenticate di darle del GF. Dopo essere entrato nella stanza della pratica, Quistis parlerà a Squall fuori dalla stanza. Dopo aver parlato, mentre Quistis e Squall usciranno dalla stanza della pratica, si sentirà un grido. Una strana ragazza (non Rinoa) e due soldati stanno chiedendo aiuto. La strana ragazza è la stessa sul riflesso dello specchio in infermeria, all'inizio del gioco. Dovrete affrontare il boss Granald. Puoi raccogliere il guscio di questo mostro.
Il giorno dopo, a Squall, Zell e Selhie viene ordinato di andare a Timber. Parla con Cid all'entrata del Giardino, e lui vi darà una lampada magica. E' un oggetto con il quale potrete ricevere GF Diablos. Siccome questo GF è molto potente, salvate prima di usarlo. Vai nella città di Balamb e prendi un treno per Timber. Nel treno, i tre improvvisamente avranno sonno e si addormenteranno. La scena cambierà e appariranno Laguna, Kiros e Ward. Per un po' di tempo li potrai usare. Dovranno combattere nella foresta di Timber e dovranno entrare nella città di Deling. Vai nell'hotel di Deling e vedrai una scena in cui Laguna parlerà alla sua cantante preferita, Julia. Laguna visiterà la sua stanza ed affronterà una discussione. Dopo la scena, il comando tornerà a Squall e i suoi compagni. Sono ancora nel treno. I tre parleranno dei loro strani sogni, ma il treno arriverà a Timber. Squall incontrerà un membro del movimento di resistenza, "mori no fukurou," o !Owls in forest". Scegli il terzo codice, "mori no fukurou," non "mori no chocobo", ne "mori no mohguri." I tre saranno condotti al suo quartier generale e qui incontrerà Rinoa, il capo degli Owls in forest. Rinoa parlerà di un piano per dirottare il treno privato del Presidente.
Per eseguire questo piano, dovrete stare attenti alle due guardie nemiche (blu e rossa) e immettere una password mentre loro non ci sono. Rinoa vi dirà la password. Avrai 5 minuti per attuare questo piano. Quando fallisci, scegli l'opzione in alto per riprovare ma il tuo livello di SeeD calerà. (Prenderai meno soldi). Entra nella macchina del Presidente e scoprirai che in realtà non è il Presidente. Dovrai combattere contro il boss Namtal Utok. Siccome il boss è un non-morto, potrai ucciderlo davvero facilmente, usando pozioni o fenici. Puoi ottenere doppie magie e zombie da questo boss
Quando arriverai a Timber, verrai a sapere che il Presidente Deling si dirigerà ad uno studio TV a Timber. Parla alle persone che incontri e saprai che puoi raggiungere lo studio TV attraverso Uradoori, o una strada secondaria . Vai verso il pub e potrai andare verso uradoori. Puoi ottenere un blizzara magico al Timber Henshubu, o alla compagnia pubblicitaria di Tiber. Allo studio televisivo, il presidente cominciò a trasmettere. Poi, apparirà Seifer e proverà ad uccidere il Presidente. Apparirà anche Quistis. In una piccola stanza vicino allo studio, apparirà Edea e porterà via Seifer.
Ci saranno alcune piccole scene. In una casa, Quistis proporrà di chiedere aiuto al Galbadia Garden. Aiutati dai membri dei Owls in Forest, i membri della squadra si dirigeranno verso Galbadia Garden in treno. Scendi dal treno alla stazione di Gakuen Higashi. Vai attraverso la foresta ad ovest della stazione. Mentre viaggi attraverso la foresta, i membri si addormenteranno di nuovo e il comando passerà a Laguna ed i suoi compagni.
Questa volta Laguna, Kiros e Ward stanno spiando allo scavo di Sentra. Ci sono alcune leve e dinamiti. Puoi muoverli ed usarli. Questo non fa nessuna differenza. Alla fine, Laguna arriverà ad una scogliera con il mare sotto. Si getteranno tutti e tre in mare.
Squall arriverà al Galbadia Garden. Gli verrà chiesto di uccidere Edea come principio di Galbadia Garden, Dodonna. Irvine Kineas entrerà a far parte della squadra. Potrai andare per Galbadia Garden liberamente.
Poi, Squall andrà a Deling city. Puoi arrivarci a piedi o prendere un treno. Puoi andare dove vuoi per la città , ma prima dei visitare il Colonnello Karway. All'entrata della casa del Colonnello, ti verrà chiesto di andare alla tomba del re senza nome. Hai bisogno di un numero di studenti che vuole venire con te. Le guardie ti venderanno la mappa della tomba. Puoi sapere dove ti trovi nella tomba con questa mappa. La sua forma è quella di una croce. Si trova a nordest di Deling City. Troverai un buco alla fine della piccola penisola. Vicino all'entrata, troverai un pezzo di foglio nella stanza. Premi il bottone circolare e scoprirai il numero degli studenti. Il numero degli studenti è casuale. Puoi anche trovare il GF brothers. Torna a Deling City e dì alla guardia il numero. Questa volta potrai entrare nella casa del colonnello. Egli ti dirà come eseguire il pian. Vai per la città quanto vuoi, poi parla con tutti. Quando parlerai ad una persona al Gaisenmon, o arco memoriale, ci sarà un evento. Rinoa entrerà nella casa del Presidente da sola. Lei può salire sul balcone dove il Presidente Deling sta per andare a dormire. Il presidente verrà ucciso ed apparirà Edea. Due lucertole come sculture appese al muro appariranno. Assalteranno Rinoa, che cadrà.
La parata incomincerà. Goditi il filmato. Allo stesso tempo, Quistis, Selphie e Zell sono chiusi nella stanza del colonnello. Osserva un quadro ed una statua. (Puoi muovere Quistis). Poi prendi uno specchio e fallo avere alla ragazza. Si aprirà un passaggio segreto. Vai giù per il passaggio e dovrai vagare sottoterra. Questo sotterraneo è molto complicato. Puoi salire su alcune ruote ad acqua. Premi il pulsante circolare di fronte a te. Se non puoi arrampicarti, è una strada sbagliata. Poi, Quistis, Selphie e Zell saranno capaci di raggiungere l'arco memoriale. Saranno appena il tempo. Irvine proverà a colpire Edea, ma è troppo spaventato per colpirla. In qualche modo la colpirà, ma uno scudo proteggerà la strega. Poi, Squall e Irvine entreranno nella stanza del Presidente per salvare Rinoa. Dovrai combattere contro il boss Shmelke, due sculture animate. Puoi ottenere il GF Carbunkle da questi mostri. Vai da Edea, poi Squall dovrà combattere da solo contro Seifer, Dopo ciò, Squall, Irvine e Rinoa dovranno combattere contro Edea. Non puoi uccidere la strega stavolta, anche se la strega precipiterà giù. Ella, però, lancerà un grande ghiacciolo blu verso Squall. Squall verrà colpito e cadrà giù dal librarsi in aria.